Porážka českého stavovského povstání v letech 1618–1620 přinesla císaři Ferdinandovi II. možnost jak splatit odkaz arcivévody Maxmiliána Řádu německých rytítřů statky. 17. července 1621 daroval řádu na úhradu odkázaného kapitálu 200.000 zlatých rýnských konfiskované panství Bruntál, patřící předtím uprchlému pánu Janu ml. Bruntálskému z Vrbna. Spolu s tímto panstvím byly převzaty také další statky Jana ml. Bruntálského z Vrbna Hradčánky (Grodczanki - nynější Polsko) a Třebom. 18. ledna 1623 koupil řád od Jana Kobylky z Kobylího panství Sovinec. Obě panství byla v roce 1625 prohlášena za komorní komendu, podléhající přímo velmistrovi. Roku 1634 řád dosáhl po několikaletém jednání restituce majetku komendy v Opavě. Tamní farní chrám od počátku 17. století děkanský a řádový kněz, dosazovaný jako opavský farář, byl tedy současně opavským děkanem. Panství Bruntál bylo roku 1639 povýšeno na slezský status minor (bylo vyňato z opavského knížectví a podléhalo přímo českému králi).
Řádové statky na severní Moravě a ve Slezsku prošly za třicetileté války bouřlivými osudy.
Bruntál a Sovinec byly v letech 1626–1627 okupovány Dány, řádový místodržitel Jiří Vilém z Elkershausenu byl tehdy zajat a vězněn v Opavě. Po roce 1627 dal na Sovinci zbudovat nové moderní barokní opevnění, jimž tento hrad proměnil v rozsáhlou pevnost. Přesto byl Sovinec roku 1643 po třítýdenním obléháním dobyt Švédy pod vedením generála Torstensona a byl jimi okupován až do roku 1650. Bruntál byl v letech 1642–1648 několikrát navštíven Švédy a dosti poničen.
Nejhorší následky měl vpád generála Millera 26. - 27. března 1648, při němž byl z velké části zbořen zámek a zničeno městské opevnění. Zámek byl obnoven v letech 1648–1650, bohužel značně ledabyle, což se v pozdějších letech projevilo na jeho stavebním stavu.
Od roku roku 1653 zpravoval řádové statky na severní Moravě a ve Slezsku místodržící Jan Kašpar z Ampringenu (1619–1648), zvolený roku 1664 řádovým velmistrem. Patřil k nejvýraznějším osobnostem řádu v našich dějinách. Do roku 1670 provedl důkladnou stavební obnovu bruntálského zámku, hospodářsky obnovil zničené řádové statky, roku 1654 navrhoval 
(bohužel neúspěšně) pronajímání vrchnostenských dvorů a přeměnu robot na platy (později známo jako raabisace), roku 1672 udělil obyvatelům panství Bruntál svobodu volného pohybu. Spolupůsobil při odstraňování čarodějnických pověr na řádových statcích. Politicky byl činný jako řádový generál, tajný rada císaře Leopolda I. a místodržitel v Uhrách v letech 1673–1679, kde proslul tvrdými zákroky proti vzbouřeným kurucům a s nimi spojeným nekatolickým duchovním. Za pobytu polské královny Eleonory na bruntálském zámku v roce 1675 se pravděpodobně s jeho vědomím jednalo o možnosti vykompenzovat dosud trvající nároky Řádu německých rytířů na východní Prusy jeho usídlením v Podolí, kde by dopomohl k vydobytí tohoto území z rukou Turků. Hrad Sovinec, jehož opevnění byla tehdy považována již za zastaralá, měl být toho roku zbořen, naštěstí k tomu nedošlo. Z původního majetku opavské komendy byly roku 1676 získány vsi Křížový, Holasovičky a Smíchovy a roku 1682 přikoupen statek Žopovy.
